AnacondaのNumpyはpipではアップデートできない

みたいで、ハマった。

どうもcondaでアップデートしないとダメなようだ。

  $ conda install numpy

調べたところ、condaで入れたものとpipで入れたものが競合する場合があるとのこと↓

condaとpip：混ぜるな危険 - onoz000’s blog | http://onoz000.hatenablog.com/entry/2018/02/11/142347

実際、自分の環境で

  $ conda update --all

をかけるとエラーが出てアップデートできない。見事にcondaとpipが競合している。

まあ個別にアップデートするのは可能そうなので、当面は放置。

複数のcsv/tsvをまとめてひとつのExcelファイルにしたい[python]

複数の分析結果をcsvで出力したりしたものをひとつにまとめたくなったのでメモ。

import pandas as pd
import os
import re
import openpyxl as opx

# tsvの入っているフォルダの名前
folder_name = 'folder'

# フォルダのリストを列挙
files =  os.listdir(folder_name)
# 拡張子がtsvのものだけを抜き出す + ファイルのパスを付加
files = [folder_name + x for x in files if re.search(r'\.tsv$', x)]

# 出力ファイル名
filename = 'output.xlsx'

# エクセルのシートに各ファイルを格納
EXL =pd.ExcelWriter(filename, engine='openpyxl')
for filepath in files:
    sheet = pd.read_csv(filepath, sep='\t')
    sheet.to_excel(EXL, sheet_name=filepath.replace(folder_name, ''), index=False)

# 保存
EXL.save()

参考リンク：
[python]DataFrameを利用して既存Excelファイルのシートを編集・追加する方法 - Qiita 

Jupyter NotebookでRを動かす(windows)

Jupyter Notebook上でRを動くようにしたときのメモ。

1. 目的

手持ちのWindowsのノートにPython環境をセットアップする。
ついでにRもJupyter Notebook上で動くようにする。

2. 環境

OS: Windows 7 Professional(64bit)
CPU: Core i5-4300U 1.9GHz
メモリ: 4.00GB

R 3.4.0
Anaconda 4.3.1 (Python 3.6 version)

3. 手順

3.1 おおまかな流れ：

下準備

• Anacondaを入れる
• Rを入れる

Jupyter NotebookでRを使うための設定

• IR Kernelを入れる

3.2 Anacondaをインストールする

Download Anaconda Now! | Continuum
https://www.continuum.io/downloads

Anacondaを使えばPythonでの分析環境が簡単に構築できる。
自分がひいこら言いながらPythonをインストールしようとしてしかも失敗して断念していた頃とは隔世の感がある。

細かいことに関してはこちらの記事を参照するのがよい：

データサイエンティストを目指す人のpython環境構築 2016 - Qiita
http://qiita.com/y__sama/items/5b62d31cb7e6ed50f02c

今回はAnaconda 4.3.1 (Python 3.6 version) 64-bit installerを使ってインストールした。
インストールが完了すると既にJupyter Notebookが使える状態になっている。
プログラム一覧の中にあるJupyter Notebookを実行すればサーバーが立ち上がり、ブラウザ上でJupyter Notebookが使える。

3.3 Rをインストールする

R: The R Project for Statistical Computing
https://www.r-project.org/

公式サイトからRのインストーラをダウンロードしてきてインストールする。
もちろん既にRがインストールされている場合はこの限りでない。

今回は最新のバージョン(3.4.0)をインストールした。

3.4 IR Kernelをインストールする

IR Kernelなるものを使うとJupyter NotebookでRのカーネルが使えるとのこと。

JupyterでRを使う。 - Qiita
http://qiita.com/piruty_joy/items/498ee16de62879e5a949

上の記事はMacでのインストールだったので以下を参考にした：

Installation · IRkernel|
https://irkernel.github.io/installation/

Rのコンソール上で以下を実行する：

install.packages(c('repr', 'IRdisplay', 'evaluate', 'crayon', 'pbdZMQ', 'devtools', 'uuid', 'digest'))
devtools::install_github('IRkernel/IRkernel')

カレントユーザーのみの使用なので以下を実行。

IRkernel::installspec()

Jupyter Notebookを起動して、右上のNewを押すと、選択肢にＲが増えている。

これでJupyter NotebookでもRが使える。